自有人類以來，人類就已懂得將藥用植物作為醫療用途，所以藥用植物的使用歷史與人類本身一樣地久遠，這可從一些證據得知其存在事實，例如書面文件、考古證據、甚至是原始的植物。藥用植物的使用知識，是人類長久以來在對抗疾病時，尋求藥物來源所學會的結果，例如人類嘗試從樹皮、種子、果實以及植物的其他部分來治療疾病，而現代的科學也已經證實古代文明所知的藥用植物之功效，並分析各種藥用植物的成分來作為現代藥物之治療。

有許多考古證據指出，人類在六萬年前的舊石器時代就在使用藥用植物，例如1960年在伊拉克北部的考古遺址，發現一處尼安德塔人(Neanderthal)的花葬洞穴-沙尼達爾洞穴(Shanidar Cave)，在編號Shanidar IV的骸骨附近所收集到的土壤分析，發現8種開花植物的花粉：西洋蓍草(Yarrow)、矢車菊(Cornflower or Bachelor's Button)、St. Barnaby's Thistle、千里光(Ragwort or Groundsel)、葡萄風信子(Grape Hyacinth)、Joint Pine or Woody Horsetail以及蜀葵(Hollyhock)，其中7種仍為現今所使用的藥用植物。

人類使用藥用植物之最古老的書面證據，其歷史可追溯到約5000年前，是在印度Nagpur所發現的一塊蘇美人(Sumerian)的粘土板(clay slab)，上面記錄12個藥物處方以及超過250多種植物，其中有些是生物鹼，例如罌粟(poppy)、莨菪(henbane)、和風茄(mandrake)。

參考資料：
(1)Pharmacogn Rev. (2012) 6(11): 1-5.
(2)Wikipedia
(3)Wonderful Things http://wonderfuloldthings.wordpress.com/2014/01/28/what-the-shanidar-cave-burials-tells-us-about-neanderthals/
(4)Science 28 November (1975) 190 (4217): 880-881.