台灣地處黑潮暖流及大陸沿岸流的交會地區，隨著季節變化海流及水溫都不相同，藻類也有差異。冬季和春季為海藻生長繁盛期，數量和種類明顯增加。而夏季至初秋因高溫和強烈光照下，環境條件較不適合海藻生存，故潮間帶海藻寥寥無幾，只有在較深的水域才發現數量較多的海藻。

海藻生物群相，從分佈上可分為三帶：飛沫帶、潮間帶與潮下帶。

• 飛沫帶：又稱為潮上帶，是指漲潮時海水淹不到但浪花可濺及的地帶。生長的海藻因區域而有所差異。北部或東北部以頭髮菜、紫菜、海蘿及鐵釘菜為主，在南部及東部沿岸則以柔弱捲枝藻、鞘絲藻及海雹菜等為主。這些海藻本身因有膠質保護，可長時間忍受乾旱及高溫，在陽光下曬個2-3天，依然不枯萎，顯現強韌生命力，藻相極簡和稀少。
• 潮間帶：海水漲潮到最高位（高潮線）和退潮時退至最低位（低潮線）之間，曝露在空氣中的海岸部分。其幅度會隨潮差大小、地區而有所差異。潮間帶又依潮汐之大、小潮變化，可分為上、中、下部。
  • 潮間帶上部（高潮帶）：多屬綠藻類的膜狀的石蓴、絲狀的剛毛藻或管狀的石髮為主要海藻，可適應每天兩次漲退潮和強光的照射，秋末冬初時，及可於大塊礁石或岩石上生成一大片綠色的海藻。但在夏季則與飛沫帶一樣，岩石無藻類覆蓋多為裸露，在潮池內只有少許。
  • 潮間帶中部（中潮帶）：主要以褐藻類為主要海藻，綠藻次之。冬、春季時，常見有囊藻、團扇藻、水窗藻、棲狀褐茸藻、裂片石蓴、網球藻等，夏秋時，仍受高溫和乾熱影響，藻類大多消失。
  • 潮間帶下部（低潮帶）：以紅藻類為主。常見的有龍鬚菜、沙菜、凹頂藻、角叉菜、小杉藻、匍扇藻。在低潮線海浪拍打地區，以石花菜、小珊瑚藻、邊孢藻、馬尾藻、翼枝菜、繁枝蜈蚣藻等最為常見。能忍受海浪及海流的衝擊。其中珊瑚藻及邊孢藻等可以從海水中吸收石灰質蓄積體內，能增強骨架，抵抗水流，使其他海洋生物不愛攝食。但夏天時，藻類種數大為減少，以馬尾藻為優勢種，有時能形成一大片馬尾藻森林。
• 潮下帶：是指潮間帶以下，終年為海水所覆蓋區域。大量海藻在此繁生聚集形成群落。以石蓴、阿拉伯松藻、匍扇藻、厚緣藻、細翼枝菜、充滿耳殼藻、異邊孢藻、鋸齒麒麟藻、乳節藻、凹頂藻、日本沙菜、網地藻和石花菜類等藻類，幾乎全年可見。唸珠蘚奈藻及日本杜蠕藻質地較為柔嫩，多長於水流較緩的潮下帶，因體內具有黏液，可保護自己。

       環境因子也會影響海藻的生長與分布，如岩礁海岸、海蝕平臺、或大小不一的潮池與溝縫，適合各種類型海藻生長，所以藻類相最豐富。而有礫石的海岸，藻類種類較少些。藻類附著於岩石上，表面越粗糙或粒徑愈大，越能提供較穩固的基底讓藻類附著生長，使海藻的孢子及幼苗深入裂縫，避免乾死或被其他生物啃食。而沙灘因基質容易被海浪沖刷流失，較不利於海藻生長，故藻類相最貧乏。每一種海藻因所含色素的種類與含量比例，會隨著光線強度及光質的變化，影響藻類的分布。較陰暗處或深海中，藍、綠光較能夠藻紅素與藻藍素有效地吸收，故低潮線區域及深海處則多為紅藻類。含葉綠素及胡蘿蔔素的綠藻，其棲息地多靠近水淺的區域。由於不同的藻類對環境的適應力及喜好不盡相同，所以在這廣大的潮間帶就會有不同的藻類相。