國科會「農業生物技術國家型計畫」將中草藥及健康食品列入重要優先發展項目中，其中苦瓜由於在調整血糖、降血脂、改善體脂肪等保健功能上具有極大之應用潛力，苦瓜也於2006年列入重點研究項目，由台灣大學、中國醫學大學、屏東科技大學、台師大、慈濟大學等大學及行政院農業委員會花蓮區農業改良場共同執行苦瓜保健功能之研究，整合研發苦瓜降血糖、降血脂之研究、與苦瓜生物活性等各項研究，包括山苦瓜活化PPAR成份萃取、化學鑑定、降血脂保健食品之研發、篩選可改善胰島素抗性之活性天然物、苦瓜生物活性物質的純化與結構鑑定、苦瓜調整血糖機制及其應用之研究、苦瓜萃物對動脈粥狀硬化及其相關因子的影響、苦瓜對癌細胞的抗腫瘤作用等。