苦瓜栽培期間常會遇到病毒病、炭疽病、白粉病、露菌病等病害，一般都會施用殺菌劑以防止病害，取用這些材料生產保健食品，安全堪慮；因此利用有機栽培量產模式生產保健用苦瓜，將會是生產與消費雙贏的作法。 苦瓜病害種類包括白粉病、果腐病、炭疽病、病毒病、萎凋病、露菌病等；白粉病、露菌病及炭疽病發病初期，拔除罹病葉與枝條；噴佈葵花油＋無患子油(9：1)300倍液；植株未罹病前，噴佈枯草桿菌製劑。

 

萎凋病發生田宜與水稻輪作或種植抗病根砧之嫁接苗。 白粉病病原菌可感染葉片、葉柄、嫩蔓等部位，產生白色粉末狀物(如圖)，是病原菌的菌絲與分生胞子，而後漸變為灰色，發生嚴重時葉片變黃而枯落，甚至全株表面覆滿白色粉狀物而呈青白色，嚴重影響生育與結果。

苦瓜栽培期間，尤其是二期作常會遇到經由粉蝨、蚜蟲與薊馬等害蟲傳播的病毒病為害，葉片將呈現綠色與淡綠色鑲崁的顏色(附圖)，一旦得病植株之生育將受影響，生長勢減弱，果實生長與外觀易受影響，產量下降。

 

苦瓜栽培期間，如果發現植株出現枯萎(附圖)，可能為蔓枯病，其病原菌由表皮侵入幼苗子葉及莖蔓，被害部初呈淡黃綠色油浸狀，被害組織終呈流膠或乾枯，尤其接近地面之莖基部造成潰瘍腐爛病徵。病斑上散生許多黑色小粒狀之柄子器和子囊殼，在潮濕環境下患部會有橘紅色的流膠，末期整株死亡。葉片或葉柄受害，呈水浸狀黃化壞疽，提早枯死。

 

露菌病可危害各種瓜類作物，主要發生在葉片，病斑由老葉開始，首先出現水浸狀紋斑，隨後形成受葉脈限制的黃色角斑，黃斑漸轉成棕色，患部乾枯，嚴重時葉片迅速枯死，影響植株生長及果實發育。

 

苦瓜受病毒病為害，果實將呈現凹凸不平不整齊的果面(附圖)，果實生產量下降，結果率不佳，商品價值下降。