因應不同的需求及目的，混農林業依據農、林、牧等不同混合經營模式，可以分為以下四種方式，在臺灣則以農林混合系統為主。
1. 農林系統：農作物與林木同時並存，配合適宜的土地分配規劃，也是最常見的系統。
2. 林牧系統：結合林業與畜牧業，通常栽植生產木材的林木，這些林木可以提供家畜遮陰與庇護，而家畜也可以抑制雜草的生長。
3. 農林牧系統：結合農業與林業，並且配合畜牧業之養殖。
4. 多元林木生產系統：此系統中之森林樹種不但用來生產木材，也有多種其他用途，包括提供食物及飼料等。

在臺灣，習慣上會因為地點，將混農林業區分為山地混農林業與平地混農林業兩大類，山地混農林業較著重水土保持、植林減碳等生態功能的議題，而平地混農林業除了生態功能外，較重視兼顧農業生產。