紅棗可生長在年降雨量200mm至1500mm之地區，空氣之濕度大於70%時，有利紅棗的花朵授粉及受精。雖然台灣屬潮濕多雨地區，濕度常年在85%以上，但在開花授粉期時，無連日雨之下可正常授精及著果；但如逢陰雨綿綿、日照不足，就容易導致落花落果。果實在成熟期時，需要較低的空氣濕度，連續降雨之下，除了影響果實發育與糖份積累外，亦容易引起裂果及爛果，導致果實產量降低。紅棗園若長時間積水，土壤孔隙被水占據後，氧氣擴散受到限制，根系呼吸及吸收水分、礦質元素的能力會下降；長期缺氧也可能造成根部受損並增加根部病害風險。颱風或連續豪雨後，應優先疏通排水，以排除多餘的水份。