有機農業是永續農業的一部分，不僅維護農業生產環境，同時可生產健康、安全、衛生的農農產品。有機農業是利用有機質改善土壤的物理化性質，增加土壤中肥料的有效性，供應作物生長所需營養元素，以促進作物生長，提升產品及品質。除了施用有機質作為肥料外，並採用非農藥方法防治病蟲害，以減少環境污染，並保持農業長久的生產力。而薏仁為保健養生的食品，如能配合有機方式栽培，除提高國產薏仁價值，同時提供消費者安全健康的農產品，建立消費者對國產薏仁的信心。
　　薏苡生產如採有機栽培，在不施用化學肥料及農藥的情況下，需配合輪作制度，以減少雜草及病蟲害，增加土壤肥力。薏苡可與水稻或豆科作物配合輪作。如與水稻進行水旱田輪作，除降低病蟲害的發生率，且水旱田雜草相不同，藉由輪作可減少雜草發生。而與紅豆、大豆等豆科作物配合輪作，藉由豆科植物根瘤固氮，可增加土壤氮及有機質的含量。
　　種子可採用臺中區農業改良場育成品種臺中1、2、3號進行栽培。其中臺中3號為本場97年育成新品種，為耐倒伏且抗病的高產品種。播種前需先挑選無病健康之種子，並浸種2-3天，早晚換水。在整地同時可施用雞糞堆肥作基肥，再於旱田播種後30-40天或水田移植後30天，施用菜籽粕或大豆粕作追肥。而雜草管理因無法使用除草劑，為薏苡等雜糧作物在有機栽培管理上較為麻煩的部分，一般除在雜草剛萌芽時淺耕(盲耕)或人工移除外，可利用稻殼、稻草或花生殼等覆蓋地面減少雜草萌芽，待中耕後薏苡開始抽穗時，因植株高大，其生長較不易受到雜草影響，可減少除草的工作。一個管理良好的田區，田間雜草種子數量會逐漸減少，需要投入雜草管理的成本也相對較少。
　　薏苡蟲害的有機防治，螟蟲可以赤眼卵寄生蜂片、蘇力菌防治；斜紋夜盜蟲可利用性費洛蒙、蘇力菌防治；蚜蟲以苦楝精、夏油防治。而常見的病害包括黑穗病、葉枯病等，防治方式除使用無病健康種子，落實田間管理，拔除病株並燒毀，實施輪作也可減輕病害。