大部分的農作物在食用前都會經過一些食前處理，包括清洗、去皮、去殼、榨汁、磨粉、烹煮。加工食品的加工步驟如殺菁、醃漬、發酵、製罐等，每一個步驟都會減少農藥殘留。

對於水果及生食蔬菜，除剝皮及去除外葉外，清洗是唯一減少農藥殘留的方法。農藥殘留的清洗效果和農藥殘留在蔬果上的部位、殘留的農藥種類和清洗方法都有關係。農藥性質有接觸性及移行性，接觸性農藥大都殘留在施藥時接觸到的部位，容易被剝除或清洗掉，移行性農藥會進入植物裏層或經由植物導管篩管輸送到整個植體，很難清洗去除。

研究顯示任何清洗方法只能去除殘留於表面上的農藥殘留，差別只在用水量的多寡，及如何洗掉清潔劑和減少營養成分的流失。因此用水浸泡片刻再仔細沖洗是最好的方法，若把食鹽當清潔劑，可以避免擔心清潔劑殘留。有些物理或化學的清洗方法會破壞蔬果的組織影響其風味，放置太久或浸泡太久也會使蔬果營養流失，卻無法去除已進入植物體內的農藥殘留，很不值得。

烹煮也可以使殘留的農藥加熱分解、隨蒸氣揮散或溶入油水中。烹煮的時間愈久，溫度愈高，去除農藥殘留的效果愈大。

烘烤是很常使用的烹飪方法，在烘烤的過程中，農藥殘留可能因物理化學的作用而降低，如蒸發、蒸餾、熱降解等。麵包製作的過程中，經歷酵母菌發酵及熱烘培等作用，能有效降低農藥殘留，文獻提到如第滅寧、馬拉松、陶斯松及菲克利等藥劑均可因此降低殘留46-63%。

乾燥是自古保存食物的方法，利用太陽曬或烘乾來進行乾燥。乾燥可使農藥殘留降低，過程中利用光分解和蒸發散等作用來使農藥殘留降低。文獻指出可降低杏或葡萄乾上殘留的比多農50%、達馬松71.9%及大滅松81%。水煮馬鈴薯30分鐘可去除大滅松56%以上。水洗芒果外皮10分鐘可去除66~68%的大滅松及芬殺松殘留，芬化利及賽滅寧則可去除21~27%。水洗桃子可去除依普同殘留60%。去皮對於芒果上殘留的芬殺松、賽滅寧、大滅松和芬化利等農藥可100%去除。製造起司的過程中，加熱及加鹽均可使農藥殘留去除。