影響農藥殘留因素包含:
1.農藥的結構:概括將農藥分為親脂性、親水性，親脂性多為接觸性農藥，在植株中移行性小，易附著於作物表面或累積於蠟質。系統性農藥則多為親水性，可滲透入植物組織並移行至各部位。
2.農藥的劑型:不同劑型的農藥添加有不同比例與成分之添加物，添加物影響藥劑施用至作物之附著率與持久性。不同劑型農藥之代謝速率與主要代謝物成分也會有所不同。
3.施藥時期與方式:作物一般於苗期或生長期對農藥之吸收速度較快，但後期多會降解消退。在採收期施藥則易有較高之殘留。
4.作物之種類與生長型態:作物之生長時期、食用部位、品種等之差異皆會影響農藥殘留情形，作物生長期因生長迅速，酵素活性亦較為旺盛而有助於農藥的代謝。作物表面是否光滑、絨毛、凹凸不平、含有蠟質等都可能造成農藥殘留差異，同一作物之不同部位之著藥量亦有不同而有殘留量之差異。
5.環境因子:環境因子包含光、溫度、濕度等皆影響作物生長並造成農藥殘留之差異，不同藥劑對光、水分之感受性不同而有光分解、水解程度之不同。如於溫室中種植，一般農藥殘留消退略慢於露天栽培者。套袋作物雖然後期不易接觸到農藥，但施藥後如間隔2~3天後再行套袋，殘留量可明顯低於施藥後立即套袋者。