存於植體表面、土壤表面、空氣中或水中之農藥，因日光之照射，日光中之紫外光因波長較短(250～400 nm)化學能強，可破壞農藥之化學結構促使農藥分解；此為農藥光分解。

土壤中微生物會分泌酵素分解農藥，促進農藥之代謝，並以農藥代謝物作為食物來源，較高溫可增加化學反應之速率及微生物之活度，因此在高溫及日照較強之地區，農藥在環境中之降解速率較快。此為農藥在亞熱帶(臺灣)環境下之田間消散比溫帶(歐洲)環境下快之主要因素。

一般而言，農藥施用於水田者，分解速率較旱田大，溫室或有防護設施者，較不易受日光之分解與雨水沖失，農藥不易分解。高溫下植物吸收藥量較多，藥效作用較快，但容易產生藥害；光線太強會加速農藥分解，降低藥效；雨水可使作物表面及土壤中之農藥流失，且可降低藥效。

同一地區如長期施用同一種農藥，易引起病菌、害蟲及雜草之抗藥性，降低農藥之藥效，不得不提高農藥使用量才能達到防治目的，則又引發用藥過量，作物中農藥殘留過高及其它各種環境衝擊之不良作用。