儲藏病害的病原很多，除前述之潰瘍病、濕腐病、果腐病、炭疽病以及褐斑病菌外，其他亦為真菌病原引起。病原造成之病徵與嚴重度不同，輕微者果實表面斑點或鱗片萎縮，降低商品價值；嚴重者果實腐敗，縮短儲架時間。不同季節與地區果實儲藏期病害種類不同。儲藏期罹病果大多屬複合感染，同一果實上常有4–5種以上的病菌同時誘發果腐。其中，以 Phomopsis sp. 與 Fusarium oxysporum 對果實的為害甚大，嚴重度逐年增加；Lasiodiplodia thiobromae 造成之病徵常易與潰瘍病混淆；Penicillium sp.引起的青黴病在常溫時嚴重度並不高，但係少數在果實冷藏下仍可能發病之病原，嚴重度僅次於褐斑病。
其他病原菌學名： Phomopsis spp.， Fusarium oxysporum，Lasiodiplodia theobromae 及Penicillium sp.。
病徵：
1.F. oxysporum 引起的果腐：全台發病率為5–6成，且比例逐年增加。病斑可能由鱗片或果梗處開始發病，初期病斑為凹陷之褐色斑，表面出現白色菌絲點狀之綿密菌絲，病斑逐漸擴大，造成鱗片或果梗萎縮，嚴重者病斑出現水浸狀。
2.Phomopsis spp.引起的果腐：全台發病率為3–4成，在某些果園出現頻度甚高。已證實有病原性之菌種至少有3個種，發病多從鱗片或果梗開始，初期果實表面褪色為褐色水浸狀，而後病斑繼續擴大，引起果皮與果肉軟爛，表面容易因為觸碰而凹陷。病徵常與炭疽病相似，但Phomopsis spp.引起的果腐病其病斑邊緣不會呈現凹陷狀，病斑上較易長出白色菌絲，產生灰黑色、點狀之產孢構造，並生成灰黑色之分生孢子堆。
3.L. theobromae引起的紅龍果黑腐病：常由果梗傷口開始發病。病斑初期為褐色，後期擴大，可能拓及整顆果實，表皮出現點狀之黑色柄子殼，果肉軟爛，病徵與潰瘍病菌引起的儲藏期果實腐爛相似，難以用肉眼區分。
4.Penicillium sp.引起的紅龍果青黴病：於常溫下本病發病時間較其他病害晚，僅造成果實表面褪色白色斑點，直徑約1–1.5 cm，病害嚴重度與重要性低；果實長期冷藏（2–4 oC）保存時，病害於20–30天後發病，病斑直徑約1.5–3 cm，表面出現白或綠色綿密菌絲、表皮凹陷，影響果實商品價值。
發生生態：除Penicillium外，大部分的果腐病的發生生態均與炭疽病相同，均可能為潛伏感染。病原菌之初次感染源均來自莖部病斑、枯死莖組織、或地面植株殘體上的分生孢子，藉風雨傳播。
防治方法：
1.防治應始於幼果期：經調查，病原菌至少在幼果期2周大起即存在於果實表面，且不會造成任何明顯的病徵。病菌是否含有潛伏期仍有待確認，但由此顯示儲藏期病害應提早於田間幼果期即加強防治。
2.注意田間衛生：部分病原菌寄主範圍廣泛，如炭疽病菌、F. oxysporum等，應清除園區周圍雜草，降低可能之病原菌來源。
3.提早套袋有助降低病害，但勿過度重複使用袋子，避免殘存病菌累積。
4.藥劑防治：目前植保手冊惟針對炭疽病推薦用藥，係合法可使用於紅龍果之藥劑，對於其他病害亦具部分療效。
5.有機資材：經測試「2-2」或「4-4」式波爾多液與石灰硫磺合劑對多數之儲藏期病原菌具抑制作用，建議可於結果前全園噴佈藥劑以降低病菌量。