紅龍果植株普遍感染病毒病，甚至誤以為斑駁的病徵為其品種之特徵。雖然一般農民「認為」病毒不會影響紅龍果之產量，但實際之影響性可能被低估。
病原菌學名：仙人掌病毒X（Cactus virus X，CVX）、紅龍果病毒X（Pitaya virus X，PiVX）及蟹爪蘭病毒X（Zygocactus virus X，ZVX）
病徵：罹病枝條較健康無毒枝條生長慢，容易受天氣寒冷變化或乾濕雨季影響，嚴重者生長勢衰弱。台灣紅龍果之病毒病害主要由三種病毒引起，果園存在率由高而低為CVX、PiVX 以及ZVX，田間常見CVX 與 PiVX 或 ZVX複合感染情形（圖37），可為害枝條及果實。其中CVX普遍存在於紅龍果中，造成的病徵多變，至少有六種不同類型病徵，分別為褪綠斑點型（chlorotic spot，圖38）、斑駁型（mottle）、壞疽型（necrosis）、黃化型（chlorosis，圖39）、黃化輪紋型（圖40）及嵌紋型（mosaic）等。田間亦常見病徵極輕微之枝條，且複合感染的病徵也不見得較為明顯（圖41），因此田間診斷不能僅依賴病徵判斷為何種病毒感染，需進一步以分子檢測進行診斷。
發生生態：紅龍果病毒病害主要傳播途徑為使用帶病毒的罹病枝條和機械傷口傳播，即果園新植扦插枝條已經帶毒，後又經剪刀修剪將病毒傳播至其他植株。病毒在病組織分佈情形，以初長出之側芽病毒濃度較高。
防治方法：
1.種植健康之無病毒種苗。
2.田間衛生：清除罹病之枝條，並予以燒毀，以降低果園中病原之密度。
3.病毒病害無法以藥劑防治，需注意修剪工具之消毒，避免工具帶毒傳播。例如工具可以酒精或漂白水消毒。