杭菊蟲害有方翅網椿、薊馬、夜蛾、毒蛾、粉蝨、葉螨、粉介殼蟲及蚜蟲等，主要病害則有萎凋病、黑斑病及炭疽病等，防治方法如下：

1. 耕作防治：因多數危害杭菊的小型害蟲如夜蛾之若蟲、粉介殼蟲、蚜蟲及薊馬等，大部份會出現在「心芽」上，可將摘心下來的芽葉移除現場，減少蟲害密度。萎凋病可與水稻輪作、調整土壤酸鹼值達6.5以上加以改善；通風良好及摘除病葉可減少黑斑病及炭疽病發生。
2. 非農藥藥劑防治：蘇力菌防治夜蛾、毒蛾類幼蟲；性費洛蒙誘捕斜紋夜蛾成蟲；苦楝油或礦物油防治粉介殼蟲、薊馬、蚜蟲、葉蟎或粉蝨；黃色粘紙或藍色粘紙防治薊馬、粉蝨等；矽藻土及苦楝油混合防治方翅網椿；使用亞磷酸誘導植物產生抗病能力。
3. 農藥防治：杭菊病蟲害防治之最新公告核准使用藥劑請參考農藥資訊服務網/農藥公告網址：https://pesticide.baphiq.gov.tw/