‘花蓮亞蔬2號-友旺’之父本為‛花蓮亞蔬1號-泰山’，係利用回交育種以野生非洲抗病種原 (Nigerian Local, NL)為父本，於民國96年取得抗病種原後經過一個世代的自交純化後，同年委託亞蔬-世界蔬菜中心病毒組進行抗病性鑑定，確認父本對矮南瓜黃化嵌紋病毒病具抗病性。以自行純化之台灣本土小果木瓜型南瓜作為母本，經由回交母本4代後自交5代之品系，母本為台南收集之優良木瓜型南瓜品種自交，每一個世代針對早生及良好食用品質的特性進行選拔單株，經5代自交選拔及純化而成之品系。

親本自交系育成後，進行雜交12個F1品系及種植觀察，選拔6個園藝特性與果實品質較佳的品系，於102年進行品系比較試驗並接種檢測ZYMV-TN3的抗性，選拔得出代號為PC1006的‘花蓮亞蔬2號-友旺’雜交品系，之後進行區域試驗及可區別性、一致性及穩定性分析後，於106年提出品種權申請，並於108年獲得品種權證書（品種權字第A02280號）。