海草床與珊瑚礁及紅樹林同列為三大典型濱海生態系，也是地球生物圈最高產的生態系統之一，具有極其重要的生態功能，海草床如同海中的大草原，綿密的植被成為許多海洋生物極佳的棲息環境，也是一些大型的海洋動物如綠蠵龜Chelonia mydas與儒艮Dugong dugon賴以生活的重要棲地，更是魚類極其重要的育成場，因此與當地的漁業動態有密切的關係。

一般來說，同為沙質地，在有海草分布棲地其海洋生物的種類與豐度通常都較沒有海草分布來得高，且又能躲避天敵豐富的食物資源及幼苗擷取率高等為海草床植被的最大優點。除此之外，大面積的海草床具有保護海岸、還能從海水中固定二氧化碳轉為能量存於海草植株中，海水中的微量元素或養分也可經由海草循環。更可以幫助穩定海中沉積物、淨化水質、對於溫度、酸鹼度（pH）、鹽度及底質還原勢（redox potential）等環境因子變化雖有很大的耐受力，但對光線的要求較為嚴苛，並對混濁的水質耐受力低。

海草床常會誘引大量龍占科的魚類覓食

海草的根部與地下莖具則有安定海床，減緩並保護海岸線不被海浪沖刷流失。

海草行光合作用時植株會產生許多氧氣。

海草床可提供海洋幼生躲避掠食者的空間和食物的來源，是躲藏、覓食與成長的重要養育所。