海草床與珊瑚礁及紅樹林同列為三大典型濱海生態系，也是地球生物圈最高產的生態系統之一，具有極其重要的生態功能，海草床如同海中的大草原，綿密的植被成為許多海洋生物極佳的棲息環境，也是一些大型的海洋動物如綠蠵龜Chelonia mydas與儒艮Dugong dugon賴以生活的重要棲地，更是魚類極其重要的育成場，因此與當地的漁業動態有密切的關係。

海草床的生態價值有許多文獻均提及，例如具穩固海岸、淨化水質的功能；海草具高生產量並經由食物網進行能量的傳遞與循環；葉片最後因衰老與凋落形成碎屑，再藉由海流輸出至鄰近生態系中，並經由底棲動物及微生物分解成顆粒性有機物質 (POM) 而提供更多的碎屑型動物所利用，這些顆粒性有機物質再經由微生物分解後會 釋放出溶解性有機物質 (DOM) 與溶解性無機物質 (DIM) ，成為初級消費者食物來源。除此之外，海草床還為許多海洋生物提供了棲息環境及孵育場，更是許多成魚主要的攝食區域。根據其所具有的生態服務功能和經濟價值，估計每公頃價值可達 19,004 美元/年。全球海草床生長分布的面積雖僅佔海洋的0.3％，卻能從海水中將二氧化碳固定轉為能量存於海草植株中，所固定的碳約佔10%的海洋總固碳量，是全球碳循環中很重要的碳庫之一。

海草床常會誘引大量龍占科的魚類覓食

海草的根部與地下莖具則有安定海床，減緩並保護海岸線不被海浪沖刷流失。

海草行光合作用時植株會產生許多氧氣。

海草床可提供海洋幼生躲避掠食者的空間和食物的來源，是躲藏、覓食與成長的重要養育所。