全球海草床受到人為活動、海岸開發、天然災害及全球氣候變化之影響，自1930年全球海草面積近30％快速消失中。除降低海洋生物多樣性及漁業資源量之影響，並減緩海草床吸收CO₂效能外，對已吸收儲存海草床內的CO₂也可能因此再次返回大氣中，影響甚鉅。

海草床雖然提供了許多海洋生物棲息的空間及豐富的食物，但隨著頻繁的產業在海草床活動，如挖拾貝殼與槍蝦、錨害等，使得綿延不絕的海草床呈現破碎狀，再加上海岸線的水泥化、航道的疏濬、極端的氣候等因素影響，使海草每年大量流失，甚至消失。

以扒具採拾貝殼，使得海草床大量被刮除流失。

   
穴居於海草床下的短脊槍蝦是釣客喜歡用的釣餌之一（圖左），採捕時多以徒手挖掘（圖右）。

   
槍蝦被挖掘後，海草床也多被破壞。

經數個潮汐後，被挖離的海草隨漲潮的海水流失，使綿密的海草床變成支離破碎狀。

航道的疏濬使泥沙和汙泥將海草床覆蓋而消失