微生物製劑為生物農藥其中的一種，係指由微生物所產製的農藥，對於環境、人體及非標的生物無負面影響，依照微生物種類可分為細菌、真菌、病毒及原生動物等，一般由自然界分離所得，經試驗研發、商品化後可作為作物病蟲草害保護用之資材。

細菌類微生物製劑：國內經研發並商品化的菌株主要為芽孢桿菌屬(Bacillus spp.)，少部分為鏈黴菌屬(Streptomyces spp.) 細菌。芽孢桿菌屬細菌包含蘇力菌 (Bacillus thuringiensis) 可防治鱗翅目害蟲之幼蟲；枯草桿菌 (Bacillus subtilus)、液化澱粉芽孢桿菌(Bacillus amyloliquefaciens) 與蕈狀芽孢桿菌 (Bacillus mycoides)可做為病害防治之用。經研究發現芽孢桿菌防治作物病害的機制，包括發酵培養過程中可以產生多種抗生物質，可抑制病原菌的生長；細菌可纏聚在植物根圈並誘導植物產生抗病防禦反應，進而抵抗病原微生物的入侵；具有分泌多種分解酵素之功能，某些菌株具有溶磷活性，有利於作物吸收養分，促進植株生長；複合揮發性物質的產生；具有植物根圈促生細菌功能，並誘導植物產生抗病反應。

真菌類微生物製劑：國內研發的菌株包括木黴菌 (Trichioderma spp.)、黑殭菌(Metarhizium anisopliae)、白殭菌 (Beauveria bassiana)、爪哇擬青黴菌 (Isaria javanica)及淡紫菌(Purpureocillium takamizusanense )等。木黴菌應用於病害防治，作用機制包括：抗生物質的產生，土壤中營養競爭、可超寄生於病原菌、具有細胞壁分解酵素、產生揮發性物質及誘導作物產生抗病性。目前已商品化的木黴菌微生物製劑為綠木黴菌R42 (Trichoderma virens strain R42) 可防治蔬菜苗立枯病。此外，農委會臺中區農業改良場所篩選純化之木黴菌TCTr-668菌株可防治甘藍苗立枯病、結球白菜萎凋病; TCT103菌株可防治韭菜白絹病。其餘菌株多為防治害蟲，如黑殭菌MA126菌株與淡紫菌TCTeb01具有防治荔枝椿象潛力及擬青黴菌WH-EP-1菌株可防治銀葉粉蝨。

有益微生物對病原菌的拮抗測試

   
液化澱粉芽孢桿菌Tcba05生物製劑對於豆類萎凋病友良好的防治效果(左:對照、右:處理)

   
淡紫菌感染荔枝荔枝椿象(左:背部、右:腹部)