堆肥製作是把農業副產品予以適當堆積，在控制條件下，利用微生物作用，將有機資材分解發酵，轉變為有機質肥料。有機資材在適當的條件下堆積發酵，可以縮短有機物分解的時間，而生產出物理性狀均一，化學成分穩定的高品質有機肥料。微生物在堆肥化過程中，擔任有機物分解與堆肥穩定化之重要角色，不同的有機資材接種適當的微生物菌種，可以加速堆肥的製作。生物性堆肥施用於田間，能夠增加土壤有機質、磷、鉀含量等土壤肥力，且能促進作物生長、產量及養分吸收等效益。

   
(左圖)木黴菌接種劑、(右圖)家庭廚餘堆肥製作

   
(左圖)菇類介質循環再利用、(右圖)有機液肥製作