早年龍眼多採種子實生繁殖，因此後代變異性大。臺灣龍眼品種超過50種，多數為果農自行篩選命名，且常見以果形、地名或產期進行命名。

　　龍眼依其採收時間可分為3大類：早熟(如：五月眼、竹崎早生…)、中熟(如：粉殼、青殼、水貢…) 及晚熟(如：番路晚生、十月眼…)。目前主要栽培品種為粉殼，以往佔栽培面積80%以上，其他還有紅殼、青殼、水貢及十月眼等。近年來大果品種水貢(韌蒂)廣受消費者喜愛，栽培面積比例增加。