香草莢種子細小，呈卵形，一個果莢種子平均3-5萬粒，成熟種子為黑褐色，大小約為0.25×0.20公厘。香莢蘭種子約在授粉後21-28天受精，受精後胚囊開始發育成種子，在授粉後30天幾乎皆為剛剛開始膨大的白色胚囊，授粉後45天已有部分種子種皮轉為淡褐色，授粉後60天以有多數種子種皮轉為黑色，授粉後75天時大多數發育正常的種子都是黑色，少數白色或淺褐色的種子為敗育。