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疫病、果實褐腐病及果實儲藏病害

採收中後期因受東北季風所帶來的寒流及降雨影響，多雨潮濕的氣候環境下，金柑易發生俗稱「水傷」之果實褐腐病，被害果初期會出現水浸狀之小斑點，環境潮濕時，病斑會迅速擴大，甚至長出白色黴狀物，果實亦會出現酸味與腥臭味。

若果園已因積水而發生果實大量裂果，甚至嚴重落果時，要儘快排除園內淹水情形，避免土壤疫病菌隨淹水而到處漫延。

果實褐腐病也是屬於疫病菌危害，只是感染植株部位不同而名稱不同。

當果園內水傷爛果的比例太高時，防治上仍以清園為主，才能有效減少果園內感染源，因此果實採收時可準備一小袋子，採果同時可順手將裂果、水傷、蟲叮果、枯病枝、落果等被害部位摘除或剪除丟進小袋子內，以避免綠黴病、青黴病、疫病、蒂腐病等儲藏性病害孢子感染及傳播。

果實褐腐病初期會出現水浸狀之小斑點。