國外記載有31個屬病原真菌及7種病原細菌為害菊花；其中《Compendium of Chrysanthemum Diseases》一書中，詳述13種菊花真菌性病害及3種細菌性病害。在台灣已記載之菊花病害，真菌方面有白絹病(Sclerotium rolfsii)、灰黴病(Botrytis cinerea)、炭疽病(Colletotrichum gloeosporioides)、萎凋病(Fusarium oxysporum f.sp.chrysanthemi)、根腐病(Pythium aphanidermatum)、黑銹病(Puccinia chrysanthemi)、白銹病(Puccinia horiana)、褐銹病(Uredo autumnalis)、莖腐病(Rhizoctonia solani)、菌核病(Sclerotinia sclerotiorum)及黑斑病(Septoria chrysanthemella)等11種病害，細菌病害方面只有軟腐病(Erwinia spp.)。根據本場多年調查發現，田間病害以黑斑病及白銹病為主；育苗期間之病害有莖腐病、根腐病、菌核病及軟腐病，其中又以莖腐病及根腐病發生最為嚴重。

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圖. 菊花黑斑病 (Source：CAFE, University of Massachusetts Amherst)

圖. 菊花黑斑病 (Source：CAFE, University of Massachusetts Amherst)