花為完全花，由葉腋著生數支花軸，分類上屬聚繖花序，合辦花冠，花為管狀，五裂，由一個雌蕊與五個雄蕊所構成，與花冠裂片互生，花藥聯合圍抱花柱。花序集中於莖上部，直徑約2.5~4公分。花色主因品種不同而有所差異，如白、黃或紫色等不同顏色，開花與否或花色表現常作為品種區分的參考。花性表現方面，長日照促進開花，雖屬自花授粉作物，但花粉多具不稔特性，僅少部分品種可稔，而可收穫種子。開花期常於馬鈴薯生育中後期，開花多寡，對塊莖產量與生成無明顯影響。