內政部於2007年1月17日公告於東沙海域設立我國首座海洋國家公園，以環礁外圍22 km為國家公園範圍，總面積為353,600公頃。東沙環礁國家公園海域最具特色的沿岸生態系是海草床，並遍及東沙島內潟湖及環礁周遭淺海域地區，海草面積估計可達1,185公頃，也是臺灣周邊海域面積最大且種類最多的海草床。東沙已記錄的的海草種類計有8種，其中有4種在臺灣本島尚未有紀錄，包括圓葉水絲草、鋸齒葉水絲草、水韭菜及鐮葉叢草等。其海草種類的多樣性在南海諸島並不常見，所蘊育之海草床魚類與無脊椎動物之多樣性更是豐富。