澎湖群島位處臺灣海峽，東接臺灣本島西臨中國大陸，全區屬副熱帶，由90個島嶼所組成，陸域面積近128 km²，退潮後面積增加近36 km²，使面積增加至164 km²；加上島嶼多灣澳，海岸線長達近449km。夏季受南海表層流與西南氣流影響，由南向北帶來暖和的海水；冬季則受中國沿岸流與東北季風的影響，由北向南帶來冷水團，同時暖水團的黑潮支流則從巴士海峽由南向北進入澎湖水道，並於澎湖周邊海域形成鋒面，經由這些冷暖洋流之帶動下，引領來自不同緯度之海洋生物匯集，包括海草在內。

澎湖海岸線多灣澳與寬廣的潮間帶淺坪棲地，具有海流平緩與光照充足海草適合生長之特性，造就了澎湖海草的多樣性，目前已記錄的海草種類計有貝克氏鹽草、毛葉鹽草、小喜鹽草、卵葉鹽草、單脈二藥草、線葉二藥草及甘草共7種。海草分布於潮間帶與亞潮帶，已記錄海草的面積至少250公頃。潮間帶較具規模的海草床，主要分布於鎮海灣（113公頃）、南寮前海（40公頃）及城前（37公頃）。亞潮帶則以通梁為主，海草床分布範圍近60公頃，可復育海草的區域為30公頃。