本所澎湖漁業生物研究中心（簡稱澎湖中心）為國內最早投入海草床修復與保育研究的單位，最早始於2014年以改良海草移植的「根狀莖法」，在澎湖通梁淺坪海域種植了60 m²的海草，迄今所移植的海草已增長近50倍；在此期間也陸續於重光及虎井等海域進行海草床修復，並於2022年協助澎湖縣政府劃設重光及港子海域為臺灣首次以復育海草為目的的保護區，不僅增裕漁業資源，對提高海洋生物多樣性也具有正面效益。2024年更藉由海草復育「根狀莖法」之精進，有效提高海草復育效率，並將應用於未來海草復育工作。近年本所東部漁業生物研究中心也投入以「種子法」進行泰來草種子育苗來復育海草，及研發使用農機具應用於海草復育之技術。