基於有機農業講求「自然資源循環永續利用」之精神，果園之養分供應最好能使用農場自家堆肥場自製者，若真的無法自製再考慮採購符合有機規範之商品化資材；但不論使用之資材來源為何，在施肥之前均需做好前面篇幅所述及的土壤調整管理作業，並留意養分供需平衡。施肥時可依農場的管理實務區分為：整地時之基肥及植株生長期之追肥等二類。
在基肥施用方面，其功能除了提供植株生長所需的養分之外，對於土壤理化性質的改善或是提高營養要素的有效性等，均有一定之功效。因此，最好能依據土壤肥力狀況予以調整，並以適當碳／氮比的有機質腐熟堆肥為主，例如稻草、牛糞堆肥或樹皮堆肥等，若能根據果園環境及土壤性質選擇數種不同材料，有計畫的分年度施用，也可有利養分之平衡。
在追肥的施用方面，可簡單分為有機液肥及粒肥等，可依果園生育階段的實際狀況靈活運用。本文整理影響施肥效果之因子及可用資材等訊息，期能提供農友參考之用。