二枚貝為海草床常見的物種，包括江瑤蛤、淺蜊、厚殼淺蜊、厚殼簾蛤、歧紋簾蛤、黃文蛤、土嘴瓜殼菜蛤、方形鳥尾蛤等，更是重要的漁獲種類。

在澎湖貝類漁獲採集的主要方式，多數採用耙具，於退潮期間在具有沙質底或具海草的海床上先試耙幾下，當發現有貝類就會持續耙下去，沒有的話就會移動位置，繼續作業。如此作業方式，常常會將海床鏟耙的坑坑洞洞，這在僅具沙泥質的海床，漲潮海水淹沒後，海床很快就恢復平坦之樣貌；但如果是在具有海草的海床上作業，這些鏟耙的動作很容易就將海草連莖及根刮起，被刮起的海草隨漲潮海水帶走，長久如此，海草床便會慢慢萎縮甚至消失。也因此，為了保護海草床，澎湖縣政府在2022年公告在澎湖的港子及重光2處復育的海草床為「海草保護區」，主要是在公告範圍內禁止使用耙具進行採貝作業。

「海草保護區」的公告是否會影響到民眾採貝呢︖原來，澎湖先民不僅是靠海吃飯外，更是生物觀察家，他們發現這些棲息在海床下的貝類，以特有的進出水管進行呼吸和濾食，當牠們發現海床上有物體接近時，會迅速緊閉雙殼，便將殼內的海水噴出。先民觀察到這一現象後，便使用「刺仔」有節奏的在海床上隨意刺，在刺的同時眼觀四方，看何處有噴水的現象，就可確認哪裡有貝類，然後就以手指頭或「刺仔」將貝類精準採獲。以「刺仔」採集貝類的方法，可大幅降低海草床的擾動。也因此，在所復育的海草床並不會限制這種友善海草床的漁法。