畜牧廢水處理後仍富含氮、磷、鈣及鎂等營養鹽，因此農業部畜產試驗所開發廢水磷酸鹽結晶回收技術，減少畜牧場回收水或放流水的營養鹽類濃度，回收的結晶（鳥糞石）則可作為緩釋型肥料使用，達到畜牧場源頭減廢及資源循環加值利用的目的。畜牧廢水經三段式廢水處理系統處理後，有機物質及懸浮固體的濃度雖已大幅降低，但排放水中氮磷鉀及鈣鎂等鹽類含量仍偏高，尤其是豬糞尿廢水，因為部分養豬業者將處理過後的廢水回收，作為畜舍清洗用水，此舉雖可減少廢水排放量，但水中鹽類化合物經長期循環使用後濃度逐漸升高，日積月累下易造成廢水管線及槽體產生磷酸鹽結晶，最終導致管壁阻塞。畜牧場可於現有廢水處理設施，增加廢水磷酸鹽結晶回收裝置設備，將厭氧消化後或用於畜舍沖洗的回收水導入結晶反應槽體，接續以曝氣方式提高廢水pH值，亦可添加鹼液或設置冷卻系統，加速磷酸鹽結晶的生成速率。試驗結果顯示，廢水經處理後可削減50%以上氮磷排出量，可以幫助使用回收水沖洗畜舍的畜牧業者降低管線阻塞的風險，並減少重新建置或修繕的成本支出。該技術已有技轉予畜牧場應用的實績，除可防止管道結晶外，回收的鳥糞石結晶則可作為作物肥料使用，具改善土壤效益，同時可減輕廢水排出至溝渠河川造成營養鹽過剩與資源浪費，更減緩地面水體的環境負荷。