柑橘的繁殖方法可分為實生法、嫁接法及空中壓條法。商業上以嫁接法為主，嫁接法利用砧木增加風土適應性、抗病性及產量與品質；實生法僅用於雜交育種後代選育及砧木培育；空中壓條只有少數柑農利用。柑橘嫁接繁殖有芽接與切接兩種。以往以切接為多，由於切接較易受嫁接時期限制，故近年芽接已逐漸普遍。

台灣柑橘因普遍遭受毒素病為害，因此健康苗木極為重要。優良苗木應品種純正、不帶病毒或其他病蟲害、苗木發育良好、嫁接部大小均一，癒合良好、主幹直而強壯、根群茂密。台灣目前柑橘健康種苗生產體系，由台灣大學及嘉義農業試驗分所負責，以頂梢嫁接或熱療處理無毒化，培養優良母樹，以供應原種接穗。再經增殖接穗，交由青果合作社、嘉義梅山合作農場、台東成功柑橘產銷班等單位繁殖苗木，供農民種植。