枯草桿菌不僅可以直接噴灑植物葉片來保護葉部病害，例如菜豆銹病，亦可施用於土壤或做種子拌種處理以預防土壤病害，其對多種作物的生長，尤其是根部的發育，有極為明顯的促進作用，還可做為蔬果採收後防止腐敗的抗真菌劑。例如，芒果是臺灣的四大旗鑑農產品之ㄧ，成熟芒果表皮有黑斑，稍微再放兩天，黑斑愈來愈大，這就是芒果最容易罹患的炭疽病。炭疽病菌在田間本來就有，甚至會隨風飄散，因此當芒果成長時，炭疽病隨時都在潛伏感染，芒果愈成熟，發病機會愈大。

相關研究團隊，從土壤環境中分離出剋治炭疽病等真菌的芽孢桿菌，試驗結果發現，採收下來的芒果，用稀釋100到200倍的芽孢桿菌發酵液浸泡5分鐘，觀察 14 天，可發現無病斑芒果處理後，可延緩病斑出現約 5-7 天；罹病度較低的果實，也可延緩病斑擴展速度，降低幅度最好可到百分之五十。