雞糞堆肥發酵處理之過程中，會產生多種氣體成分，其中以臭氣之影響最大，加上集中處理後產生臭氣量更加嚴重，常造成附近居民之強烈抗議，所以雞糞堆肥處理一定要附設脫臭處理設備。而雞糞堆肥發酵過程所產生的臭氣有氨氣（NH3）、三甲胺﹝(CH)3N﹞、甲硫醇（CH3SH）、硫化氫（H2S），其中以NH3與H2S含量最高，這些臭氣對人畜有害，會引起人類生理及心理反應，如嘔吐、食慾不振、肺機能傷害等。

加上雞糞中之臭氣，因受飼料與雞隻消化系統短的關係，糞便中未消化成分含量高，其臭氣與成分比豬糞高一倍，比牛糞高2倍以上。且其臭味氣體之產生與發酵時間及溫度有密切關係，雞糞堆肥發酵溫度在第4天時達73℃，然後維持在60℃以上（約2週），至第28天時降至34℃；其臭味中之氨濃度在第4天時約360 ppm，第16天時約50 ppm，此時尚可感覺臭味；三甲胺第4天為160 ppm，第6天為180 ppm，第16天降至40 ppm，證明雞糞堆肥發酵在良好通氣條件下，氨氣與三甲胺之濃度在4～16天期間達最高，第28天後則顯著降低。因此脫臭處理時間應以發酵開始至20天內，所產生之臭味氣體加以收集去除為主。

堆肥脫臭之方法有多種，其中較常被採用的有水洗法、吸著法、土壤脫臭法等，於應用上各有其優劣點與適用性。

1. 水洗法脫臭
係利用水洗塔進行脫臭，利用水與臭氣進行密集接觸溶解，水洗後的廢水再進行處理，是本脫臭設備最困擾之問題。在養雞場設置本項設備進行脫臭，依報告指出，對氨之脫臭效果第一天可達79.5%，至第6天降為16.7%，其脫臭槽出口之NH3濃度由18 ppm增至233 ppm，已超過人之可感臭味值（50 ppm）以上，且在第四天對氨之吸附已呈飽和狀態。因此實用性不理想，目前已不用。

2. 土壤脫臭法
土壤脫臭法是利用土壤粒子附著及土壤中的水分溶解後，這些物質又被土壤中的微生物氧化、分解、利用而達到脫臭效果。一般土壤在好氣條件下，硝化菌將氨轉換為亞硝態氮。而最佳之土壤脫臭條件是在溫度25℃、水分60%、pH 7～8、有機質9.8%、容積密度0.75 kg/L之砂質壤土最好，主因為其顆粒及通氣性較佳之因。其脫臭效率對NH3達100%。目前國內未有人採用此方式脫臭。

3. 木屑脫臭槽
是目前國內最普遍採用的脫臭設備（圖15-6），其脫臭原理係藉木屑吸著作用與水分之溶解等而將臭味去除，因此當木屑吸著之臭氣達飽和狀態時，對臭味去除效果即降低，此時需更換木屑。木屑對臭氣之脫臭條件為含水率20～64%，每分鐘臭氣抽送量4.7 m3、臭氣通過木屑層速度每秒7.8 mm、接觸時間為100秒，每立方公尺之雞糞發酵需使用2平方公尺面積之木屑脫臭槽，也可用如下之公式估算A＝Q╱V，其中A為脫臭槽表面積（m2）、Q為換氣空氣量（m3/分）、V為通過木屑層之風速（2~10 mm/秒）。對臭氣之去除效果NH3與(CH3)3N 兩種氣體可達100%。且依據試驗結果，每公斤木屑（乾物質）對氨氣之去除量約為3~5.5g。

木屑脫臭槽之構造，包括槽壁、臭氣抽送管道、卵石、尼龍網等，底層以卵石架空，並裝設臭氣抽送管由大而小，再鋪上尼龍網，上面填充木屑高1m，以細木屑為佳，含水分35~50%，水分含量太低時脫水效果不佳，需灑水調整水分含量。

因此為達最佳之脫臭效果，除保木屑之含水分與密度外，也需常更新與防雨設備。假如管理不當，使木屑脫臭槽中之木屑變成硬塊（圖15-7）或積水，將失去脫臭功能；因此，定期更換與灑水保持適當含水量，是非常重要的管理工作。