種蛋在孵化前通常會經燻煙消毒，對控制病源菌具有相當的效果。燻煙消毒需在種蛋收集後立即施行，距離種蛋產下後之時間愈短愈有效。燻煙消毒過程中，需設置一個封閉不漏氣的燻煙消毒箱，內部裝置一具電風扇，其作用在於燻煙時，可吹送氣體循環，燻煙後，可排放氣體。惟燻煙不當時，除甲醛氣體對胚胎有害外，亦會造成工作人員身體不適現象。因此只要維持種蛋清潔，產少細菌產生，使用擦拭消毒取代傳統燻煙消毒，亦有相似功效產生。