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澎湖海域除了有豐富的水產動物外，海藻資源也是不可忽視的一項重要資源。近年來在學界對海藻生理活性的研究中，不斷發現許多具有抗凝血、抗氧化、抗過敏、抗細菌病毒及防癌抗癌物質，並已開發以藻類為原料之多種藥物及保健食品，可見海藻已在人類生活中具有相當重要的地位。

水試所澎湖海洋生物研究中心在海藻加工的研究上，近幾年著重於機能性之研究及產品開發。在產品的部分，由於海藻富含多種活性物質，利用海藻萃取其機能性成分，開發海藻相關產品有海藻香皂、海藻液體皂、海藻保養品、海藻酒及醋、海藻飲品等。而機能性研究，目前除了海藻之抗氧化及抗菌活性之外，未來規劃朝海藻之各種生理活性作探討，例如：非生理活性、抗發炎、提高免疫力、降低過敏等，以期能完整探討海藻之各種活性物質，祈對澎湖當地之食品工業及海藻之研究發展有所貢獻。