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臺灣杉毬果採收後，置於陰涼通風處攤開，時加翻動，使種子脫離毬果收集。

每公升種子粒數127,880~157,620粒。臺灣杉種子屬於乾儲型(orthodox storage type)，若種子含水率降至5~6%，置零下20℃可長期儲藏。

種子有後熟作用，5℃乾藏3~4月發芽率提高。種子發芽容易，可在一個月內發芽完畢。

本樹種在結實週期方面，依近20年來的紀錄，兩豊年之間隔為3~11年。

台灣杉由種子發芽、生長直到開花結果，是要經過一段漫長的時間，據觀察發現，雄毬花開花年齡最早約在30年，雌毬花約在45年。