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根據最近的板塊構造理論與地質研究，台灣島的前身雛形源自白堊紀約一億多年前的南澳造山運動，後續的板塊運動導致此雛島沉入海中，成為容納附近陸相沉積物的場所。後來菲律賓海板塊的北緣隱沒於歐亞板塊下，使呂宋島弧北移，終於在五百萬年左右將海中沉積的岩体推出海面，台灣島便是這次蓬萊造山運動的產物，約在三百萬年前造山運動達到高峰，形成以中央山脈為主的山岳島地形。台灣現生植群的肇始，可自上新世末或更新世之初開始探討，然其植物族群的來源，卻與第三紀的古植物相有密切關係。新生代第三紀的地球氣候有若干波動，全球性的變化則呈現變冷、變乾的趨勢，北半球的植物必須往南方或低海拔的溫暖地帶遷移。台灣於上新世末浮現亞洲大陸外海，剛好可提供低緯度的生育地，容納北方遷來的溫帶植物，但北方植物的大量遷入，可能要等到更新世冰河期的海退期間，這時台灣海峽變成陸橋，東亞植物區系的成份才得以進入。第四紀冰河期間，植物由北方大量遷入台灣，而在間冰期則大多往較高海拔遷移，幾次的冰河盛衰與海進海退，植物遷進台灣，繼之在山區上下遷移，構成今日台灣植群的起源與分化，也成為若干第三紀孑遺植物的庇護所。
更新世的孢粉記錄顯然是台灣本地植群所產生。若從台灣西部低海拔丘陵與山區的孢粉記錄來看，杉科與松科在第四紀期間曾有幾次的興衰階段，可能反應冰期的降溫與趨暖過程。據學者Tsukada所作日月潭附近（海拔745m）的孢粉分析，推論當地自最後冰期六萬年以來之古植群與氣候變化，台灣杉出現約在五萬至三萬五前年前，當時氣溫降低5-8℃，此一孢粉與植群記錄，可能只是更新世地史變遷的一小部份，然可推論目前分布在1500-2500m之雲霧帶森林，包括台灣杉在內的檜木林或常綠闊葉林，曾繁生於更新世之台灣山區，低溫之冰河期並曾下降到800m之低海拔谷地。
(圖:花粉紀錄顯示台灣杉之森林在第四紀冰河期曾下降到較低海拔山區)
文:蘇鴻傑教授之台灣杉之前世今生(全文在延伸閱讀)
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