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百香果花芽於新生枝蔓每一節產生，整蔓除去死、老、受傷及病害部分枝條，避免枝蔓重疊及無生產力枝條耗費養分，可促進新蔓生長、增加透光及通風、減少病蟲害發生及維持植株健康度、提高病蟲害防治的效率、提高果實品質，整枝應盡量於清晨或傍晚操作以避免植株失水，修剪時刀具需保持清潔，以2%次氯酸水消毒後再使用。
定植後，幼蔓應定期固定於支柱上，未上棚架前定期將側芽及花芽摘除以培養強健主莖，以加速植株生長，於上棚後留2-4蔓，開始整枝修剪作業。
百香果枝條生長、開花及著果情形會於每蔓結4-10顆果後停滯，此時以人工授粉亦無法促進著果，待整批果實即將進入成熟期後才陸續著生新果，使百香果果實量產有波動性，但營養生長持續進行，此時須加以修整以維持果實及葉片數之平衡，修剪先剪除過多、無花、長度長但仍未開花結果的細瘦枝條，側芽下垂至接近地面約30公分高，或營養生長停滯時，於開花中斷處後2節位置摘心，以集中養分於果實及避免後續枝葉生長消耗養分，通常於一批花採收結束後再行修剪，將枝條回修至靠進棚架1-2節處，再另其抽生新生枝條。過長枝條切勿綁回棚架上以免棚架枝條混雜、重疊使產量降低，修剪枝條應盡量移出田區以保持田區衛生。
百香果枝葉儲藏許多養分，因此不建議過高強度的修剪，若側芽枝條過密導致大量無用枝條及病蟲害問題發生，可行強度整枝修剪，使其重新萌發側芽生長。若為非於集團產區，可行更新修剪方式維持生長，若百香果根系良好、無病毒危害現象，可於2-3月初春剪除棚架以上主枝，留下2-3節令其萌芽生長，並於新芽萌生後，疏除過於密集、瘦弱的新芽，約留下2新生主枝，較年年更新者可提前約23天採收，產量較增加約33%。