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菇類介質、禽畜糞等為台灣主要的農業廢棄物之一，堆肥化為有機物經微生物分解及聚合，生產穩定之腐熟物質，而堆肥過程中，以適宜之堆肥材料有利於堆肥的進行，添加適合菌種後，具有加速堆肥腐熟之功效。而有機廢棄物經堆肥化處理後，可做為栽培介質，同時添加於促進堆肥化之微生物，亦有抗生素產生、養分競爭、細胞壁分解酵素、超寄生、誘導植物產生抗性等功能，亦有許多應用於作物病害生物防治之紀錄，可改善農作物生長不良、品質不佳的缺點。
於百香果栽培初期使用完熟之堆肥，可避免使用生雞糞肥發酵對苗株根系傷害，於苗期或栽培期間，每週定時葉部或基部澆灌生物性液肥(含有益微生物、乳清蛋白、海草粉、矽藻土、蝦殼粉及糖蜜等)，可有效促進百香果根系生長；百香果果品會隨天氣轉涼而有變酸，栽培後期亦有果實較小現象，於秋冬時期於基部補充菇類介質堆肥、生物性液肥，給予百香果生長所需充足肥分，可有效提升百香果果實糖度、降低酸度，並可部分改善百香果病毒病癥狀，提升栽培後期百香果果實品質。