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百香果果實於室溫環境下貯藏壽命約 7-10 天，貯藏期間易發生失水萎縮、黴菌產生及果汁發酵、腐爛的情形，嚴重會影響果實外觀、重量、風味與營養價值。

低溫貯藏可降低果實呼吸作用、蒸散作用、乙烯生合成等生理現象，延緩品質損耗與微生物滋生造成果實腐敗。但當百香果貯藏於 6℃以下的溫度則會導致寒害發生，寒害症狀為果皮發生軟化及不正常變色情形，隨著紫色種果殼的軟化可能會使花青素滲入果汁之中，反而加速果實品質劣化及改變果汁顏色。

因此推薦百香果採收後最合適的儲存溫度為9-12℃，相對濕度保持在85~90%可保存4-5週而不影響品質，惟百香果果實適合的貯藏溫度可能因品種、成熟度及栽培地來源不同而略有差異。