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本主題館以魚類的科別為分類方式，科中則以拉丁學名的屬名-種名來排序。

各魚種介紹內容包括中名、學名、成功俗名、英名、種說、體長等資料。

• 中名：以「臺灣魚類資料庫」之名稱為準。

• 學名：拉丁文的國際通用名稱，採二名法標記屬名及種名，學名後並附上命名者。

• 成功俗名：以臺東成功地區漁民、釣友及居民所使用的閩南語稱呼。閩南語之羅馬拼音則以「臺灣閩南語常用詞辭典」為準。

• 英名：以FishBase網站之魚種名稱為準。

• 種說：列出該魚種之外部形態特徵、最大體長、漁業利用方式(食用或觀賞)及漁獲捕撈方式等基本資料。

• 魚圖：該魚種之側面或背面標本照。部分魚圖因去背處理與實際鰭色稍有落差。

• 魚圖註記：雌雄個體明顯差異者，會標註性別(雄=♂、雌=♀)。另加註黃化種、性轉變。

• 標註標本長度(TL=全長、FL=尾叉長、DL=體盤長)。