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行政院國家科學委員會於1992年起補助我國長期生態研究計劃迄今相繼成立5個長期生態研究試驗地（福山、關刀溪、塔塔加、南仁山及墾丁）對我國自然區域（陸地及海洋）的生態現象與運行過程有更清楚的理解。自2000年起，長期推展我國長期生態研究的學者金恒鑣博士邀集農業與生態研究人員開始研議規劃成立「農業生態系之長期研究站」。國家科學委員會於2002年補助推動「農業生態系長期研究之先期工作」，並於該年11月補助舉辦中美雙邊「農業生態系長期研究研討會」，會中邀請美國國家科學基金會補助設立之美國密西根州立大學Kellogg Biological Station (KBS)長期農業生態研究站人員及資料處理專家來臺聯合演講。會後建議後續工作中，首次為進行試驗地研究人員互訪，以加強相關研究及進行學術合作研究等事項。本擬於2003年秋執行互訪計劃，惟因SARS疫情而順延。乃於2004年10月在國科會的資助下組團前往KBS考察，其目的為了解KBS農業長期生態研究站之組織、組成過程、試驗之運作、過去的成果與未來研擬的方向等，以作為評估臺灣是否要建立農業長期生態研究站及其規模，並擬定農業長期生態研究(Long Term Ecological Research, LTER)運作機制之參考。同年底，在多方多次研商下，由農業試驗所、林業試驗所、臺南區農業改良場、臺灣大學及中興大學共同組成「農業生態系長期生態研究與應用」計畫，經向農委會研提2006年競爭性科技計畫，獲得1200萬經費補助設立農業長期生態區，於臺灣南投、雲林、嘉義建立核心監測站，關注水稻、亞熱帶果樹（荔枝）與茶作，主要目的為探討臺灣幾種不同耕作制度對生物多樣性之影響、生態系生產力維持之機制及其對環境之衝擊，並且與美國密西根州立大學KBS長期農業生態研究站維持合作關係，於2006年3月8-11日再次邀請美國KBS之4位農業長期生態研究學者來臺舉行國際研討會，並進行學術交流，研議未來兩國互訪與技術合作事宜。來訪期間分享其設計、管理操作及研究成果等做為我國剛成立的農業生態系長期生態研究之參考。因此，國內與美國KBS LTER已建立國際合作之基礎。2020年後擴大至各區域，並設立農業衛星站與漁業站。為保存與共享資料，以美國生態界Knowledge Network for Biocomplexity (KNB)發展出之Ecological Metadata Language (EML)格式建立檔案，透過Metacat–Morpho 資訊管理系統，使所建立的生態研究資料能夠相互交流。
目前國際長期生態研究網路(ILTER)包含44個活躍會員與超過700個研究站，包含我國農業與森林生態系長期生態研究站(Mirtl et al., 2018)，並登上介紹長期社會生態研究(Long Term Socio-Ecological Research, LTSER) 平台介紹的期刊論文(Jan et al., 2018)。
臺灣地處亞熱帶，具有豐富的自然資源。融合歷史脈絡、在地文化、土地治理與科技研發，農業型態顯較他國研究站獨特、且臺灣精緻的農特產品亦享譽國際。然而臺灣農業的經營充滿挑戰：臺灣栽培農作面積約74萬公頃，來自作物收成的土地生產力，常不足彰顯農業生態系真實價值，產業轉型與地方發展的經濟需求，即威脅臺灣農業永續發展。發展農業生態系長期生態研究，深入瞭解農業生態系所蘊含的功能與價值，遂成為政府積極推動的國土經營議題。
我國農業生態系長期生態研究團隊亦積極參與國際合作研究計畫與會議，於2017年主辦「International Workshop on N2O Emissions in Various Ecosystems: Site-Based Research and Global Synthesis」國際研討會、2018 年主辦「ILTER & 12th ILTER-EAP Joint Conference」國際研討會，參與Global Litter Decomposition Study、芬蘭赫爾辛基大學LIFEPLAN計畫、邀請美國維吉尼亞大學與新墨西哥大學資料庫管理專家蒞台教授生態資料管理作業等。並每年辦理團隊研討會發表成果與交流研究訊息。
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