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小丑魚的分布和海葵絕對脫離不了關係，雖然全世界海葵品種超過一千種，不過確僅有大約 10 種海葵會與小丑魚共生，這 10 種海葵分布很廣，主要生長在太平洋及印度洋，特別是熱帶洋流會經過的海域，北自日本南到澳洲雪梨的珊瑚礁海域，但在大西洋都沒有出現，所以在大西洋並無小丑魚分布。
不同品種小丑魚會棲息於不同的海域，但小丑魚都居住在水質清澈、光照充足的海域，水深並不超過 50 公尺以上，這個習性完全是小丑魚與海葵之共生關係所發展出來的。
台灣小丑魚主要分布於東北部、東部、南部珊瑚礁海域，其他離島如綠島、蘭嶼、小琉球及澎湖等水流稍急海域。
黑豹小丑 -澳洲型 黑豹小丑 -太平洋型 雙帶小丑 -台東型體色較鮮艷
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