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近年來兩岸三通直航與經貿開放 ，兩岸農產品貿易交流活動有許多進展， 兩岸因距離相近，語言文化相似，農業交流緊密，植物品種間流通快速，造成我國優良品種在大陸地區未經授權而大量繁殖生產，嚴重影響我方權益，因此植物品種權成為兩岸智財權重要課題之一。 植物品種權採屬地主義，為確保我國優良品種能在中國大陸受到對等的保護，必須依循中國大陸品種權相關法令制度方可進行品種權申請，但我國與中國大陸在品種保護制度上差異甚大，透過兩岸品種機構的交流與制度調和，方能維護我國優良品種在中國大陸的權益。由於兩岸對於智慧財產權的重視， 2010 年 6 月 29 日第 5 次江陳會談，簽署「海峽兩岸智慧財產權保護合作協議」，並於同年 9 月 12 日生效，同意本著平等互惠原則，加強專利、商標、著作權及植物品種權等保護方面的交流與合作，協商解決相關問題，開啟兩岸植物品種權保護合作的新紀元。透過兩岸智慧財產權保護合作之協議，兩岸雙方於 2010 年 9 月 21 日於宜蘭召開兩岸第 1 次工作組座談會，會議中同意在兩岸雙方各自公告之作物種類範疇下，受理雙方品種權申請案件，透過合作原則，設置品種權工 作組協商。 經由 2011 至 2015 年共舉辦 4 次兩岸植物品種權工作組會議協商的努力下，雙方互設聯繫窗口，處理兩岸在植物品種權疑義問題，陸方已將我方建議優先保護之植物種類 ， 例如： 蝴蝶蘭屬 (Phalaenopsis Bl.) 、荔枝 ( Litchi chinensis Sonn.) 、芒果 (Mangifera indica L.) 、柑橘屬 (Citrus L.) 、棗屬 (Ziziphus Mill.) 、夜來香屬 (Telosma Cov.) 及紅豆杉屬 (Taxus) 等列入 中國植物品種保護名錄，並於 2014 年截止，台灣赴中國大陸申請品種權之受理案件為蝴蝶蘭屬 33 件、芒果 1 件、柑橘屬 2 件和紅豆杉屬 1 件，總計為 37 個品種 。 由於兩岸植物品種權工作組的共同努力與關注下 ，在中國大陸申請品種權的案件中，部分案件可望在近期內完成審查作業並獲得中國大陸植物品種權 ， 屆時將成為兩岸植物品種權保護合作上嶄新的里程碑。