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彩色海芋主要病害是由細菌Erwinia carotovora subsp. Carotovora或Erwinia chrysanthemi所引起的軟腐病，此病菌廣泛危害許多作物中。
此病菌引起植物細胞壁崩解而組織或器官軟化，最後導致植株死亡（Wright，1998）。植株在栽培過程中或貯藏期間可能已感染，但並不會有軟腐病病徵發生，此病菌是可潛伏的（Funnell，1993）。
當彩色海芋在土壤通氣性差、高溫及高濕等環境逆境下，則易感染且表現出軟腐病（Funnell and MacKay，1999；Wright and Burge，2000）。因此彩色海芋產業發展之主要限制因子為細菌性軟腐病，選育出具抗病之新品種為彩色海芋之主要育種目標。
依據Singh 等人（1996）將馬蹄蓮屬（Zantedeschia）八種（species）可以以種球形態分為根莖狀塊莖（rhizomatous tuber）及圓形狀塊莖（discoid tuber），前者包含Z. aethiopica及Z. odorata兩種，大部份為白色，對軟腐病耐性較強。其餘則為後者類型，後者類型統稱為Aestivae section，主要商業品種大都由此雜交育種而得，對軟腐病較易感染。細菌性軟腐病主要感染後者之栽培品種（Corr ，1993；Funnell and MacKay，1999；Kuehny，2000；Wright and Burge，2000；Snijder et. al，2004)。
藉由非破壞性之葉圓片測試軟腐病結果，Aestivae section類之栽培品種中，對軟腐病皆不具抗性，但是測試採集原生種Z. albomaculata之野生植株中，有12株具有中度抗性；Z. rehmannii之野生植株中，有6株具有中度抗性，此發現將可作為抗病育種之重要材料（Snijder et. al，2004）。
種苗改良繁殖場以兩個軟腐菌之菌株ER5及ZL1接種17個彩色海芋商業品種之切離葉片上，經65個小時調查葉片軟腐範圍，無論接種ER5或ZL1葉片皆出現軟腐病病徵（表一）。此兩類型不僅是在植株外型差異外（Letty，1973），染色體核型亦不同（圖一、表二）（Yao et. al.，1994）。
因此兩類型雜交，較難獲得有活力的種子（Traub，1949），主要是因為胚發育到圓球期時，胚乳會分解及水化，因此不易獲得種子（Yao et.al，1995）。因此抗病育種可能仍需以原生種為親本，採漸進式之育種策略，才能選育出抗病品種。
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