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可以用種子發芽率測定堆肥是否仍含有抑制種子發芽的毒性物質，做為判定堆肥腐熟度的指標。

其方法如下：堆肥樣品經65℃風乾後，取樣品5g 置於三角瓶中，加100 ml 75~80 ℃ 熱蒸餾水，攪拌均勻後靜置3小時，將浸液過濾後，取10 ml 濾液於已放有二層濾紙及100顆白菜種子的培養皿中，每一堆肥樣品做5重覆，並以蒸餾水代替濾液當作對照組。培養皿蓋上蓋子後，置於恆溫箱中，在25 ℃培養4~5天，種子有長出兩個完整子葉及根毛者才判定有發芽。發芽率計算如下，數值>90%較佳。

種子發芽率(%)=堆肥萃取液所測得之種子平均發芽數／對照組測得之種子平均發芽數X100%