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原住民特色作物相較於一般其他大宗經濟作物的栽培，仍偏向較粗放的管理，而且栽培的面積零星分佈，多種植於部落住家的庭園或是田埂邊，較少大面積的栽培，在雜草防治的管理上大部分採用人工拔除或機械割除的方式。若栽培面積較大，則可參考一般大宗經濟作物的雜草防治方式如下。
常見雜草防治的操作方式：
1.人工拔除：使用農具或以手工拔除。
2.機械割除：利用中耕機、除草機、或中耕培土機
3.覆蓋(cover)：栽植樹木、草類或綠肥於地表，常使用百喜草、田菁、太陽麻。
4.敷蓋(mulch)：將前作物收穫後殘株敷蓋田面，或以稻殼、碎花生殼、甘蔗渣、 樹皮等敷蓋，一般敷蓋3-5公分厚為宜。也有使用銀黑色塑膠布或抑草蓆等進行敷蓋，但此種方式所花費的成本較高。
5.綠肥輪作：於休閒期栽植綠肥作物；台灣常見之綠肥作物有田菁、大豆、太陽麻、埃及三葉草、紫雲英、油菜、苕子等。
6.栽培制度：鼓勵水田與旱作輪作，用以抑制相同草相大量滋生，或配合作物輪作、間作、及中耕等措施。