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紅肉種的開花期較早於白肉種，南部地區可於4月上旬日長漸長且夜溫開始升高之際開花，陸續開花至10月中旬，若9月後能再經燈照處理，可延長花期至11-12月，每年估計有12批花以上。紅肉種與白肉種，除依據果肉顏色來鑑別以外，另外可經由枝條稜邊的木栓化組織，花被片前端是否帶有紅色，還有枝條密佈刺的長短，果皮鱗片的長短等特性來判別。紅肉種枝條上的刺較長，枝條稜邊多呈不連續性的木栓化組織，花被片前端帶有紅色，且柱頭較長於雄蕊，除不易自花授粉外，且常有自交不親和的特性，但若經異品種授粉則著果率可達100%(蔡正壽，2003)，故常須混用其它紅肉種或白肉種品系花粉，進行人工授粉才能順利著果，另外各批次的果形大小差異較大，栽種上較為費工，成本也較高。

目前有申請品種權的計有‘昕運1號-蜜寶’、‘大紅’、‘喜香紅’、‘三色龍’與‘台農1號-小甜甜’等五個品種，其餘的多是產地選育品系，依序介紹申請品種權品種及較為知名的品種(系)。