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疫病
病原菌：Phytophthora nicotianae var. parasitica
病徵：危害葉片、花器、枝條及果實。危害葉片初期葉緣呈水浸狀，隨後逐漸擴大為深褐色。果實罹病初期外觀呈水浸狀軟化，隨之逐漸腐爛而落果。濕度高時，病斑周圍可產生白色黴狀物，其上著生大量本菌之「游走孢子囊」，於高濕時可釋放游走子藉由水傳播。
傳播途徑與發生生態：本病原以菌絲或卵孢子狀態殘存於土壤殘體中，於濕度高時大量釋放游走子，藉雨水飛濺造成葉片、花器與果實感染。好發於台灣主要雨水期夏秋季，此時濕度、溫度高，若長期連續降雨，造成大量落果落葉，病勢發展常一發不可收拾，損失慘重。

炭疽病
病原菌：Colletotrichum gloeosporioides
病徵：危害葉片、嫩枝條及果實。罹病葉片初期呈現2-3mm淡綠色水浸狀斑點，果實罹病初期產生些微凹陷褐色細小斑點，隨後慢慢擴大，病斑顏色中心轉為淡褐色，其上密佈黑色顆粒，為病原菌之分生孢子盤。相鄰病斑常癒合為不規則大病斑，其中心組織脆弱易破，葉片提早老化落葉。隨著果實成熟轉色，斑點逐漸擴大、癒合成不規則斑塊，且密生黑色分生孢子盤；濕度高時，病斑表面會產生大量黏稠狀、粉桔色分生孢子。本病具潛伏感染特性，感染未成熟果實，初期未顯現病徵，待果實成熟轉色、採收儲藏後才顯現病徵，嚴重時提早落果且不耐儲運，喪失商品價值。
傳播途徑與發生生態：主要藉由風雨傳播。病原菌可以菌絲狀態存活於枝條殘體，成為田間初次感染源。病斑始見於葉片上，待進入雨水期4-9月時，每次降雨後皆是病害發生高峰，並由葉片感染至果實。

褐斑病
病原菌：Alternaria sp.
病徵：為害葉片及果實。罹病葉片及果實初期產生圓形褐色斑點，
約0.1-0.2公分，病斑呈輪紋狀逐漸擴大至1-2公分，中心組織轉淺褐色。罹病葉片病斑周圍常帶有黃暈，相鄰病斑於感染後期常癒合一起。危害嚴重時，易提早老化落葉。
傳播途徑與發生生態：主要藉由空氣傳播，透過風、雨水飛濺傳播其
分生孢子。病原菌殘存於病株殘體中，成為下一季初次感染源。在台灣褐斑病於初春即零星發生，隨著氣溫、濕度提高，植株葉片數增加，罹病葉片也增多。待果實成熟時，罹病葉片轉為二次感染源來源，感染果實，整個百香果栽培期皆可發生。

萎凋病
病原菌：Fusarium oxysporum f. sp. passiflorae
病徵：為危害幼苗及成株。幼苗期罹病後植株快速萎凋死亡。成株期罹病時，常至結果期才顯現病徵。罹病植株維管束橫切面可見維管束褐化現象。初期由下位葉開始向上轉黃萎凋，通常只顯現在植株一側，呈現半邊萎凋。
傳播途徑及發生生態：本菌為土棲菌，喜高溫高濕環境，可形成厚膜孢子長存於土壤中，透過種苗、機械或流水攜帶病土傳播。酸性土壤、連作田、排水不良較容易發生。

頸腐病
病原菌：Fusarium solani
病徵：為危害幼苗及成株。於植株栽培初期至成株期易發生，初期呈現失水萎凋，葉色轉淡綠色，地際部2-10cm以上呈現表皮組織壞疽，基部維管束內部褐化，植株最後因水分運輸受阻而大量落葉枯萎死亡。在適合環境下，會在植株基部產生橘色子囊殼，其內含有大量子囊孢子。
傳播途徑及發生生態：本菌為土棲菌，可形成厚膜孢子長存於土壤中，透過種苗、機械或流水攜帶病土傳播。於栽培初期至成株期皆可能發生。

 
病毒病
病原菌：目前國內有紀錄危害百香果的病毒，共6種包含(1)東亞百香果病毒(East Asian Passiflora virus簡稱EAPV)；(2)百香果斑紋病毒(Passionfruit mottle virus, PaMV；(3)百香果漣葉病毒(Passionfruit crinkle virus, PCV)；(4)胡瓜嵌紋病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)；(5)2種Begomovirus屬病毒，包括聖誕紅捲葉病毒(Euphorbia leaf curl virus, EuLCV)及木瓜捲葉病毒(Papaya leaf curl Guangdong virus, PaLCuGDV)。其中影響產量最鉅者為造成百香果木質化的東亞百香果病(EAPV)。
傳播途徑及其病徵：依傳播途徑可概括分為2類。
一、透過嫁接、蚜蟲非永續性傳播
1.東亞百香果病毒(EAPV)：葉片出現系統性嵌紋及皺縮，植株生長遲滯、節間短小，果實畸形木質化，果腔縮小，產量下降。
2.百香果斑紋病毒(PaMV)：葉片無明顯病徵或有輕微著色不均斑紋 (mottle)，果實僅出現輕微斑紋或無病徵狀態。但若與EAPV、PCV及CMV複合感染，病徵加劇。
3.百香果漣葉病毒(PCV)：葉面輕微捲縮的漣葉(crinkle)，植株與果實外型及轉色無明顯影響。
4.胡瓜嵌紋病毒(CMV)：葉片出現黃化斑點，果實硬化萎縮。若與其他病毒(如EAPV)複合感染則出現嚴重黃化嵌紋病徵。
二、以粉蝨為傳播媒介：研究記錄有聖誕紅捲葉病毒(EuLCV)及木瓜捲葉病毒 (PaLCuGDV)，通常於種植初期早春時造成葉片畸形或嵌紋病徵，隨著溫度升高，病徵消失，新葉生長恢復正常。

百香果病害，依其病徵發生部位可分為地上部病害及地下部病害，而地上部病害又可分為真菌性病害(如疫病、炭疽病、褐斑病等)及病毒病等，防治策略有以下建議：
一、針對地上部真菌性病害防治策略：
1.定植前，清除前作病株殘體，以廣效性殺真菌藥劑進行清園。
2.罹病初期，剪除病葉組織，妥善掩埋並移除田間，避免產生二次感染源。
3.適當修枝改善通風及日照條件，避免枝葉層層疊疊使病害感染擴大。
4.針對疫病，可於雨季來臨前7-10天，使用亞磷酸與氫氧化鉀以1：1之等重中和後，再稀釋500-1,000倍噴佈以預防疫病。
5.栽培期間，應適時移除罹病葉片與果實，再選擇植物保護手冊中推薦於百香果疫病、炭疽病之藥劑進行防治。切記！不同作用機制藥劑輪替使用才可避免菌株抗藥性產生(褐斑病尚無推薦藥劑，可參考炭疽病防治藥劑，同時防治褐斑病)。
6.罹病植體需適當掩埋或覆蓋，避免堆置田間，形成二次感染源。
二、病毒病目前無藥劑防治方法，其防治策略：
1.選擇定期進行無病毒種藥驗證之種苗供應商購苗，加強幼苗期蟲害管理。
2.若田間已有帶病毒植株，應立刻移除田間，避免機械或昆蟲再次傳播。
3.修剪時，定期使用75%酒精或0.5%漂白水消毒刀具，避免枝汁液傳染。
4.懸掛黃色黏蟲板以偵測害蟲，必要時配合藥劑防治媒介昆蟲。
5.清除田間雜草可減少害蟲藏匿，降低病毒傳播。
三、針對地下部病害(萎凋病、頸腐病)防治建議：
1.施用土壤添加物改善土壤，調整酸鹼值，可降低病害發生：發病田區於種植前，用氰氮化鈣(烏肥)每公頃300公斤或蚵殼粉混合添加物(孫黃土壤添加物)每公頃1,600公斤混合於土中。
2.罹病植株及其周圍土壤應清除並集中燒毀，勿殘留田間。移除後可使用上述土壤添加物消毒土壤2周後再行種植。
3.種植初期澆灌有益拮抗微生物以保護植株地下部，避免病菌侵入。