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除了作物本身，在農業生態系長期研究中其他有關生物的議題包含生物多樣性與病蟲害控制。「生物多樣性」自1988年提出，並經1992年世界各國簽署《生物多樣性公約》，迄今已成為廣為人知的名詞。我們期待在農業經營的過程，也能維護或提升生物多樣性以提供其為環境貢獻的益處；研究中我們監測與農業密切連結的包含土壤微生物、蚯蚓、昆蟲、蛙類與鳥類，了解不同農業環境與棲地樣態對其組成影響，若干生物如瓢蟲，在農業生態系中則扮演天敵角色捕時農業害蟲，在維繫生物多樣性同時也可對農田帶來正向的效益。