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榴槤的蟲害問題相較於病害問題少，平時可於夜晚懸掛燈光誘蟲燈來降低蟲害的密度。蟲害方面，榴槤的外皮鱗溝處容易積聚介殼蟲類、甲蟲、蚜蟲、薊馬等，新梢與葉片則容易遭受蛾類幼蟲的啃咬，枝條則需要預防咖啡木蠹蛾、蛀心蟲為害。病害方面，主有炭疽病、果腐病、莖枯萎病、腐葉病、潰瘍病、果疫病等，據報導東南亞榴槤樹有棕櫚疫黴(Phytophthora palmivora)真菌性病害，會在枝幹上產生潰瘍，樹皮、樹幹與根部會滲出棕紅色的樹膠，可導致樹皮完全剝落，嚴重會導致死亡，為較難防治的病害。目前臺灣對榴槤還沒有合法用藥，僅能使用有機資材進行防護。